Яўген Аляксандравіч Рагоўскі нарадзіўся ў 1855 г. у г. Кобрыне Гродзенскай губерні (цяпер Брэсцкай вобласці) у сям’і гарадскога ўрача, род якога паходзіў з патомнай шляхты Гродзенскай губерні.У 1874 г. Яўген Рагоўскі закончыў Беластоцкае рэальнае вучылішча, у 1876 г. паступіў у Пецярбургскі тэхналагічны інстытут. Праз год здаў за курс гімназіі і паступіў на матэматычнае аддзяленне фізіка-матэматычнага факультэта Пецярбургскага ўніверсітэта, дзе слухаў лекцыі Д. Мендзялеева, П. Чэбышава, Ф. Петрушэўскага, І. Боргмана, А. Хвольсана.